En el año 1878, el Papa Pío IX pidió al fundador de los Salesianos, el P. Juan Bosco, que enviase sus misioneros al Paraguay para fundar una misión entre los indígenas del Chaco. Recién en 1896 pudo concretarse el deseo del Papa. En la oportunidad llegaron cuatro salesianos que se establecieron en Asunción y desde allí recorrieron de norte a sur el río Paraguay, en su ribera occidental, contactando con los nativos y buscando un lugar para establecer la futura misión.

En 1917, el Obispo de Asunción, Monseñor Juan Sinforiano Bogarín, firmó un contrato con el Superior de los Salesianos, encargándoles la misionalización de todo el extenso Chaco. Iniciaron la mision en 1926, en la isla Tagatiya (hoy Banco Leonor), frente a la desembocadura del río Napegue, en el Departamento de Concepción. Más tarde se establecieron sobre este mismo río, debido a las inundaciones del río Paraguay. Desde allí recorrieron en forma itinerante todos los puertos del Alto Paraguay, hasta que en 1939 soltaron definitivamente las amarras de Concepción para establecerse en el gran Chaco.

El 11 de marzo de 1948, el Papa Pío XII crea el Vicariato Apostólico del Chaco Paraguayo, dependiente de la Sagrada Congregación de la Propagación de la Fe, desgajándolo de la Diócesis de Concepción, de la que dependía desde 1931. Su primer obispo fue Monseñor Angel Muzzolón, salesiano uruguayo, quien recibió la ordenación episcopal el 23 de mayo de 1948. En su tiempo se tuvieron los primeros contactos (1956-62) con los famosos indios Ayoreo o Moros, en las inmediaciones de Madrejón. Mas tarde, por razones de las grandes sequías, se los estableció en la ribera del río Paraguay, Puerto Maria Auxiliadora, frente a la ciudad brasileña de Puerto Mourtinho.